Lo que estás describiendo que encontrabas es cuando se actualizan las IPs que apuntan a dominios en los servidores DNS, que ocurre de muy pocas veces a casi nunca, o con muy pocas consecuencias directas en el usuario. En ese caso, el problema se puede resolver en minutos u horas, dependiendo de cómo funcione el servidor DNS que uses en cuanto a las cachés que tenga. Algunos sólo guardan caché tanto tiempo "como mandan" y otras mucho más.
Un ejemplo, en vivo, de esto es si usas servicios de IP dinámica, como No-IP, cuando actualizas la IP. Tarda de minutos a horas. Depende.
A ver, en caso de duda, sí, usar un ipconfig /flushdns no viene mal, pero como digo, si el servidor que usas, cachea, o tiene configuradas opciones diferentes de cacheo, el que limpies los registros que tú cacheas en local mientras estás en una sesión de uso de Internet, no va marcar ninguna diferencia, porque quien tiene que actualizar la caché es el servidor.
Dicho lo cual, como dices, apúntatelo y si te pasa, pruebas con todos los servidores que conozcas. Si otros responden, o si todos responden, pero unos con unas IPs y otros con otras (que sería lo que acabo de explicar), es que hay un problema.
Una nota sobre eso último. El que dos servidores DNS den IPs diferentes también tiene que ver con el uso de geolocalización. Algunos servidores no te dan la IP maestra, por decirlo así, de un servidor, sino del CDN más cercano a la supuesta localización de la IP (y la localización de la IP NUNCA es exacta). O sea, tampoco sería 100% seguro que fuera un problema.
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