Si no me equivoco y estás usando el SNESStation, en el mismo menú donde eliges la rom que quieres usar, pulsando triángulo accedes a las opciones. Entre las muchas incluídas una de ellas es "Show game as" o algo parecido, viene con Auto, y es uno de esos casos donde parece ser que falla y no reconoce automaticamente la pantalla, así que usa por defecto NTSC. Lo pones manualmente en PAL y solucionado.
Respecto a lo del Yoshi island ni idea, pero sí recuerdo que a mí tb me iba lentísimo en su momento en la psp puesta al máximo de potencia y en cambio todos los demás me iban muy bien. Quizás sea cosa de la propia rom o un bug del emulador.