Revisa que en la BIOS los puertos SATA3 estén configurados como AHCI y no como IDE/RAID (en el segundo caso a veces las utilidades no pueden encontrar el disco, que parece que es tu caso).
¿Qué controlador estás usando para los SATA? ¿El de windows (msahci) o el de intel (iastor)? Si no sabes de qué te hablo, lo puedes mirar por ejemplo con el AS SSD Benchmark de forma sencilla. A veces el de intel es problemático también con la detección a bajo nivel del disco, sobre todo las versiones antiguas de RST.
No es la primera vez que veo el problema, seguramente lo puedas solucionar sin comprar nada. Ahora bien, no es un modelo que me guste mucho.
Saludos