A mi también me pasaba eso con el filezilla, asta que estuve toqueteando las opciones y llegue a la solución. En el filezilla tienes que ir a EDICIÓN y OPCIONES después a TRANSFERENCIAS y quitar la casilla que pone ACTIVAR FILTRADO DE CARACTERES NO VALIDOS después ir al la opción TIPOS DE ARCHIVOS y poner en TIPO DE TRANSFERENCIA PREDETERMINADA EN BINARIO y quitar las dos opciones de abajo TRATAR ARCHIVOS SIN EXTENSIÓN COMO ARCHIVOS ASCII y TRATAR LOS ARCHIVOS PUNTO COMO ASCII
Con eso se soluciona. También soluciona que se suba archivos corruptos. Por ejemplo archivos dlc o arcades que tienen LETRAS Y NÚMEROS LARGOS.