Tranquilo, yo también me asusté cuando vi que ni siquiera me detectaba el cartucho, pero "teóricamente" si haces lo que te voy a decir, te tiene que funcionar todo a la perfección:
Una vez abres el EZ-MANAGER 1-02, tienes que ir a System Config > Sync Clock, y en el mismo sitio, System Config > Write Z3 Loader, con esto primero haces que el EZ-MANAGER detecte el cartucho flash, y lo segundo lo que hace es instalarte el mini-Sistema Operativo, para que puedas meter roms de GBA.
Saludos y espero que lo soluciones!