O te sigo sin entender, o haces unas cosas muy raras. Si tu quemas un cd con el parche aplicado (después de volcarlo del original al disco duro), que sentido tiene volver a copiarlo encima después de instalarlo, si cuando lo instalas, lo hace con el que ya habías aplicado para parchear. El parche que normalmente se aplica es sobre el ejecutable del software en cuestión, no sobre el "install.exe" que tu dices. Los juegos o tienen un ejecutable a primera vista (cuando abres el cd), o el ejecutable sale después de instalarlo.
Quizás estamos hablando de lo mismo, de distinta forma, pero la cuestión era que a ti se te quedaba colgado el juego
y no, como hacer una copia de seguridad. Te preguntaba por el ordenador(por si se te podía quedar corto en cuanto a configuración), y la otra cuestión es que alguno de los cd´s podía estar mal copiado. Prueba a guardar en un archivo aparte lo que has jugado hasta ahora, e instala el juego de nuevo, por si acaso.