Eso mismo suelo hacer yo, usar primero vtfedit y luego guardarlos en formato .vtf a 256x256. Desde siempre me ha funcionado, pero ya te digo que desde que actualizaron ayer y cambiaron todo el sistema de archivos, han dejado de funcionar.
De hecho ahora la ruta es otra distinta: "Steam\SteamApps\common\Counter-Strike Source\cstrike\materials\vgui\logos"