Dudo que el FlashFXP se te cuelgue por el Windows 2003, seguramente será xq tienes configurado bajo el timeout o el iddle del flash, prueba a borrar la carpeta del juego por partes para que no se te quede colgado.
Respecto a cambiar el S.O. solo tienes una opcion, formatear el disco duro y meter el otro S.O.
Espero que te haya servido de ayuda.