Podrías darnos mas datos de que placa tienes para poder ir mas al grano.
Algunas placas, como Asrock, en la UEFI tienen un modo de compatibilidad con discos de 3tb o mas para poder usarlos como discos principales.
De todos modos, no seria mejor tener un disco mas pequeño para el SO y este grande para almacenaje?, mas que nada por que al ser disco mecánico y de tanta capacidad los arranques serán largos.
Ahora mismo los SSD están tirados de precio, sobre todo los de 120gb, con eso tienes mas que de sobra para SO, aplicaciones y algún juego, por ejemplo.