En primer lugar deberías comprobar que tengas activo el DMA de ambos discos duros. Para activarlo (te digo cómo se hace per si nosabes cómo), lo más habitual consiste en consultar las propiedades, en el panel de control -> sistema -> administrador de dispositivos, de la controladora IDE, y habilitar DMA en todos los dispositivos que sea posible. En principio, con DMA activado, el uso de CPU suele ser muy pequeño, cosa que acelera el sistema en si.