Viendo el manual del hub con un poco más de detalle veo que el conector de ventilador (el que tienes en CHA_FAN_3) solo tiene dos cables, el primero y el último, que corresponden a GND y al control PWM, por lo que es lógico que la placa no detecte nada ni en la BIOS pero deberías poder regular esa salida igualmente. Aunque no veas ningún ventilador, configura en BIOS el perfil que consideres en ese conector (regulado por PWM, asegúrate de que no sea por voltaje ni Auto) y se regulará en función de la temperatura y curva que especifiques.
A veces los cambios en los ventiladores no se aplican hasta que no guardas los cambios y reinicias, ten eso en cuenta también si parece que no está cambiando nada.
Saludos