Buenas,
Se me ocurre lo que le puede pasar, 2 opciones:
1º Supongo que sabras configurar correctamente el popsloader para arrancar con una version mas antigua xk segun creo recordar el FF IX arranca con las 3.80, si no lo has intentando, pruebalo.
2º Los juegos originales de psx ha diferencia de los de ps2 venían con una protección, si has obtenido la iso de un juego original tendras que parchearlo para que pueda funcionar correctamente, tienes todos los parches en gamecopyworld.
Espero haberte ayudado un saludo