Yo tengo el mismo problema, y te digo como lo he resuelto.
Mi portatil formatea bien las SD de 1 Gb, pero a partir de ahí las formatea siempre a 1 Gb. Al pillarme el R4 compré una SD de 2 Gb y me dejó la mitad como sectores defectuosos. Antes de formatear podía meter juegos hasta 1 Gb, a partir de ahí me daba fallos de tarjeta.
Al final, usé otro ordenador para formatear la tarjeta (uno más moderno que el mio, con Windows Vista en lugar de XP), y pude formatearla a 2 Mb. Ahora, para meter juegos, uso un lector de tarjetas USB, y puedo acceder sin problemas a los dos Gb. Puedo formatear, pero para quitar los sectores defectuosos, tube que quitar la partición, y sólo pude desde Vista.
Igual es eso lo que te pasa. Yo aún no entiendo el problema de mi lector, ya que las tarjetas de alta capacidad son a partir de 2 Gb...
Por si te sirve de algo.
Un saludo.