Yo tengo compilada tu misma versión en la misma distribución. Eso sí, no se me ocurre hacer configure, make y make install, porque es una guarrería y mplayer trae ya las reglas para construir el paquete debian (¿no te has fijado que hay un subdirectorio que se llama DEBIAN?) Lee el README de ese subdirectorio.
En cuanto al skin, ni idea (¿has comprobado los permisos?). Yo no tuve ningún problema. Eso sí, yo todos los skin los guardo bajo ~/.mplayer/Skin.