¿Usas un tema de chat diferente a cualqueira de los cuatro predefinidos(blue, classic, clean, simple)?
Si usas ubuntu, y no has cambiado el tema que lleva, estarás usando renkoo, que es un tema de adium que usa webkit para renderizar la conversación(O si lo has cambiado por cualquier otro tema de adium). De ahí que se vea como html.
Prueba a cambiar el tema, o reinstalar renkoo en tu carpeta personal desde la web de los temas de adium.