Si estas hablando del "retroarch" creo que hay una opcion para bloqueo parental (asi los niños no pueden entrar en la pantalla de opciones)
Aunque no estoy seguro, yo no he usado retroarch mucho, pero creo recordar que lo lei en la lista de cambios de una de sus actualizaciones
Edit:
Si te estas volviendo loco intentando configurar el emulador a como deberia estar... la opcion mas facil es que lo desinstales (apretando triangulo en el XMB encima del icono) y lo vuelvas a instalar
Asi la configuracion volveria a los valores por defecto
Antes de hacer esto, comprueba que las roms de juegos no esten dentro de la carpeta del emulador (porque entonces se eliminarian al desinstalarlo)