Pues claro, eso es normal
¿Cuántas descargas tienes puestas a la vez?¿Y conexiones máximas?
Si le tienes puestas muchas el emule se hace con todo el ancho de banda disponible y no deja nada para las demás aplicaciones.
Otra cosilla...¿has quitado la reserva de ancho de banda que hace el windows para el update y toda su parafernalia? (suponiendo que tengas instalado el wxp)
P.D: este hilo seguro te lo mueven porque más bien es de software que de hardware