Generalmente tienen una opcion para los dispositivos(lo que dices de hdd, cdrom, usb, red etc..) y luego otro para selecionar de entre los hdd cual es el que se arranca cuando llegue a las opciones de hdd, y puede que otros dispositivos tb(por ejemplo si tienes mas de una tarjeta de red tb suelen tener un menu para selecionar cual de ellas)
Pero basicamente windows tiene que estar instalados(para que no de problemas, por poder se puede hacer de mas maenras, pero la "oficial" es así) en el hdd que este puesto como arranque, la instalación va bien por que arranca desde el cdrom al fin y al cabo, pero caundo toca arrancar desde el hdd parece que intenta arrancar el que no tiene la isntalacion de windows hecha y por eso no carga.