Hola, si usas el eboot loader de fanjita. Debes usar el snes9xTYL-0.3 normal (la que no tiene acceso a kernel), dentro del comprimido tendrás 2 carpetas unpatched y kxploit_ready, son 2 versiones diferentes. Por lo que comentas, parece que intentas ejecutar el kxploit_ready, que es la versión para la 1.5 que usa el kxploit (lo de las 2 carpetas: % y otra).
Pero para las 2.0, la que tienes que usar es precisamente la que no está parcheada (unpatched).
Para que no aparezcan los datos dañados se ha comentado varias veces en el foro, es como con el resto de programas. Prueba a renombrar las carpetas de la siguiente forma:
Snes9xTYL -> SNE 1 (entre el SNE y el 1 hay 29 espacios en blanco, en total deben haber más de 32 carácteres así no lo detecta la psp y no aparece en la MStick)
Snes9xTYL% -> SNE1~1%