Un router lo normal es que entienda que tipo de cable estas conectando. Si es normal, pues internamente hace los cruces, si es cruzado pues no hace los cruces.
Pensar que una conexion ethernet tiene un canal de entrada y otro de salida. Si conectas dos dispositivos ethernet con un cable normal, pues logicamente las señales no llegaran pues los dos estan intentando enviar por el mismo canal. El canal de salida de un dispositivo tiene que estar conectado al canal de entrada del otro, en el caso de una conexion directa. Para una conexion a traves de un switch, router, hub, etc.. se usa un cable normal, ya que la electronica de red se encarga de realizar los cruces de canales necesarios.