Hola Sardox,
Yo diría que si probando con otro explorador de archivos (el File Manager del irisman por ejemplo) eres incapaz también de borrar el archivo el siguiente paso es intentar probar "Restaurar sistema de archivos" y/o "Reconstruir base de datos" desde el recovery de la consola ya que parece que hay un problema con el sistema. El primero no borra nada, a no ser que haya un archivo corrupto, como parece que es tu caso, y lo borrará. Que en esencia es lo que quieres. La segunda opción te devolverá los ajustes a la configuración inicial pero solo te borrará los mensajes, las listas de reproducción y no sé si alguna pequeña cosa más.
Esas son las herramientas oficiales para restablecer el estado del disco duro antes de la solución definitiva que sería formatear ("Restablecer sistema Playstation 3"). Si con esa no va tampoco sería posible que el HDD se haya estropeado.
Resumiendo, yo probaría con la opción de "Restaurar sistema de archivos" que no te va a borrar nada y te va a solucionar el problema lo más seguro.
Un saludo.
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