Igual no me he enterado bien de tu problema, pero tiene toda la pinta de que tu partición boot no la tienes montada. Por eso, al usar genkernel la monta automáticamente para poner los kernel e initrd, y luego puedes acceder a tu /boot. Creo que te has hecho un lío, y es que /boot no tiene por qué ser un directorio hijo de /, sino que es una partición independiente. Si miras tu /etc/fstab verás a dónde apunta /boot.
Lo del tema de que se vuelve la pantalla negra hasta que termina de cargar, tiene pinta de que no has configurado bien el soporte de framebuffer en el kernel.
Saludos.