¡Hola!
Te puede parecer un poco radical, pero te propongo esta solución:
Mete las zapatillas en la lavadora, en un programa de agua fría, a medio depósito, con un detergente líquido apropiado para tejidos delicados.
El agua fría no estropeará el pegamento y limpiarás y desodorizarás las zapatillas. Lo único que no podrás quitarles el desgaste de las suelas, pero por lo demás las dejarás limpias.
Si quieres limpiarlas mejor, antes de meterlas en la lavadora quítale los cordones y los pones aparte en la lavadora.
Eso es lo que hice yo varias veces con zapatillas Nike Air y me fue bien, pero no hay que abusar, lo puedes hacer alguna vez.
Saludos