Cierra los programas aunque no sé si guarda las posibles modificaciones no guardadas en los ficheros.
Edito: sacado de man shutdown:
Todos los procesos son notificados de que el sistema se
está cerrando mediante una señal SIGTERM. Esto da a los programas como
vi(1) tiempo para guardar el archivo editado, correo y news realizan
cambios para poder salir limpiamente, etc.
Esto supongo que significa que guardará antes de salir, pero no estoy seguro. Puedes comprobarlo modificando un fichero de texto y ejecutando shutdown sin guardar, luego mira que ha ocurrido; otra posibilidad es esperar a que alguien con más conocimientos pase por aquí y te aclaré su funcionamiento.
Suerte