Si el CONTENEDOR DE VIDEO FLV [video Flash] tiene stream de video en h264 y audio en AAC no requieres recodificar nada, solo usa un MULTIPLEXOR a MP4 para copiar esos streams de video/audio h264/aac a un archivo COMNTENEDOR DE VIDEO MP4.
Ejemplo con YAMB
Con FLV_EXTRACT extraias los streams de audio y video y el archivo time-code, asi tendras un archivo .aac o .m4a, mas un archivo *.h264 o *.x264 o *.264 y un archivo de texto *.txt. Estos tres archivos los arrastras al YAMB y crearas en segundos un archivo MP4 con la misma calidad de imagen y video que el original en el FLV.
Tanto YAMB como FLV_EXTRACT son programas gratuitos.