Lo, mas seguro es que sea debido a la unidad de CD que usas para extraer el audio de los mp3. Si no es de una marca de renombre puede causar problemas. De ser así no creo que cambiar de programa sea la solucion. Quizás debas tratar extraer el audio de manera analoga. Fíjate si el programa te lo permite. Te recomiendo de todas formas usar el Exact audio copy.
Saludos,