No tengo ni idea de como funcionará en ubuntu, pero antes en debian, si isntalabas tor este ya se colaba como un demonio y se ponia a ejecutarse y luego al usar vidalia se intentaba lanzar otro... si quieres quita tor como demonio y configuralo con vidalia.
luego para firefox hay una extensión para usar junto a tor.
Para usarlo con chromium deberás de ejecutar chromium --proxy-server="socks://localhost:9050"
Jdownloader lo puedes configurar tanto para que use socks como proxy http
mmm... ya que estamos una pregunta, en kde no se puede configurar proxy socks?