Pues hay varias opciones, asi buscando un poco en freshmeat (http://freshmeat.net/browse/256/) el primero parece que ya te sirve (http://fixounet.free.fr/avidemux/) y si por alguna razon no te va o no te gusta tambien puedes usar el virtualdub sobre el winex (tengo entendido que funciona pero no lo he probado) .
Hombre, no lo he usado y no se que tal ira, pero de los manuales se da a entender que el avidemux si que sirve para mpegs, eso si parece que hace alguna guarrada. Basicamente yo lo saco de la seccion editando mpegs.
Si, de leerlos los lee, aunq no todos, se ve q deben tener una especificacion concreta, pero esq a la hora de trabajar en ellos se hace muy tedioso y el resultado es muy penoso, parece muchas veces q estes viendo una peli del plus codificada.
A Kdenlive aun le queda bastante para soportar este tipo de formatos. De momento creo que solo funciona con DV. Para cortar videos, se puede usar mencoder, con el parámetro -endpos
