Yo he empezado hace cosa de mes y pico con Spine y muy contento. Vale lo que cuesta.
Hasta ahora cuando se trataba de animación tradicional por sprites, siempre he usado Photoshop con muy buen resultado, pero me pasé a Spine por el tema de animación con esqueleto.
Gratuito, pues supongo que tienes el Gimp como alternativa al Photoshop, pero no al Spine.
Y parecido al Spine tienes el Spriter (
http://www.kickstarter.com/projects/539087245/spriter ).