Aclaracion.
MKV, MP4, AVI, MOV, FLV, OGM, WMV, 3GP son "Contenedores de video", o lo que llamamos archivos de video
DivX/XviD, h264, WMV8, WMV9/VC-1, VP8 son algunos Formatos de video
MP2, WAV, MP3, AAC, AC3, DTS, Ogg, FLAC son algunos Formatos de audio
MKVMerge, YAMB/MP4Box son "Multiplexores", es decir, el programa crea el archivo contenedor; mkvmerge los MKV o MKA y YAMB/MP4Box los MP4 o 3GP, lo abre y mete una copia del stream de video y el stream de audio mas los archivos de subtitulos -si es que los necesitas-.
Ahora ese archivo CONTENEDOR tiene el audio -o audios de idiomas-, video y subtitulos.
Para extraer los streams de audio y video de un MKV usas MKVextract y MKVExtract_GUI v2, pero no es necesario ya que en YAMB en sus opciones le indicas donde estara el archivo MKVExtract.exe y YAMB automaticamente extraera los streams del audio, video y subtitulos por ti.
MKVExtract es parte del paquete MKVToolNix, mientras MKVExtract_GUI v2 es la interfaz grafica para hacer mas sencillo su uso.
El problema es debido a que el audio este en un formato no soportado por el contenedor MP4, que a esto MP4 como contenedor es bastante cutre en ese aspecto porque soporta muy pocos formatos y entre ellos esta el DolBy Digital -AC3-. Asi que deberas recodificar el audio a AAC.
Recodificacion con Mediacoder, solo recodificaremos el audio dejando el video intacto y lo pondremios todo en un archivo MP4.
http://www.mediacoderhq.com/dlfull.htmArrastramos el archivo MKV a la ventana de mediacoder.
Pestaña VIDEO, elegimos por formato h264 e inmediatamente marcamos la casilla COPY, con esto le indicamos que no recodifique el video y se remita a copiar el stream cuando se integre todo al MP4.
Pestaña AUDIO, en formato elegimos HE AAC v2, em Source y Encoder marcamos AUTO, en RESAMPLE dejamos original, pestaña NERO ENCODER, en Rate Mode elegimos CBR, en Bitrate Quality ponemos 160 o 192.
Pestaña SOUND, elegimos Channels en Original, o elegimos de manera manual estereo si el audio del MKV es en AC3 estereo o elegimos 5.1 si el audio es AC3 5.1
pestaña CONTENEDOR, elegimos MP4, en Multiplexer seleccionamos AUTO SELECT.
Por ultimo pulsamos el boton START y tendremos un archivo MP4 del mismo nombre y en la misma carpeta del video original.