una manera muy sencilla de facilitar el pase de windows a linux (y viceversa) es forzar al compilador que uses a usar el estándar ANSI C (y también las librerias).
Así te marcará como errores las funciones no compatibles con ANSI.
No deberías tener muchos más problemas.
Cuando usaba Visual C y no me acordaba si alguna función era ansi o no, miraba en la ayuda de la función (MSDN) y veía si era compatible con ANSI.Imagino que el Borland C tendrá lo mismo.
Saludos.