Si sólo necesitas juntar un par de clips de vídeo, insertar una pista de audio o aplicar algunos efectos, avidemux es muy sencillo y está muy bien.
Si quieres hacer un montaje con varios clips de vídeo y/o varias pistas de audio entonces avidemux se te va a quedar corto porque para conseguir esto sin romperte la cabeza necesitarás un editor no lineal como OpenShot.
Hay otros editores no lineales de vídeo para Linux pero OpenShot es el único que he usado realmente, y aunque hace tiempo cascaba bastante (obligándote a salvar le proyecto constantemente por si acaso) en las últimas versiones parece bastante estable.
Puedes usar una combinación de varios de todas formas, porque por ejemplo aunque avidemux está bastante limitado para lo que es el montaje del vídeo sí que es muy potente para temas de recodificación y cropping. Podrías usar Openshot para el montaje y después pasarlo por avidemux para darle el formato final.
Para grabar el vídeo de la pantalla yo suelo usar Kazam.