En mi opinión, a cuanto más ligeras y rápidas las herramientas, mejor. En la inmensa mayoría de los casos, no necesitarás más que un sistema básico para solucionar los problemas. Depende un poco de ti, pero por experiencia te comento que a cuanto más tarde en arrancar la herramienta menos ganas vas a tener de usarla.
Añadir un sistema operativo completo te supondrá un engorro tanto en usabilidad: por lo que le costará funcionar y arrancar; como en peso: la mayoría de las funciones y/o características ni las necesitarás ni las usarás. En esta política, prescindir de protocolos de internet, navegadores, aplicaciones "variadas" e incluso de shells es lo más adecuado. En lugar de Windows 10 x64, un WinPE modificado por ti o con las características básicas; en lugar de Ubuntu, un SLAX; en lugar de GParted y/o Clonezilla, alguna aplicación con posibilidad de integrarse dentro de SLAX o WinPE.
En mi caso, hace un tiempo me monte un WinPE basado en Windows 8.1 que incluía un gestor de archivos básico: A43 (ahora llamado A56); herramientas para trabajar con datos y particiones: las propias de Windows como
chkdsk y diskpart, junto a otras como el AOMEI Partition Manager o TestDisk; un gestor de imágenes de disco: en mi caso necesitaba el Norton Ghost, pero puedes irte a otras soluciones; y aplicaciones varias para gestionar el registro de Windows de forma offline. Luego todo ello "espolvoreado" con una selección de software procedente de Sysinternals y NirSoft, un descompresor potente (7-Zip) y ya tienes pendrive de recuperación. Todo ello en un pendrive de 2GB, donde el sistema operativo de rescate no ocupa más de 512MB.
PD: Al final la experiencia te termina dictando las aplicaciones que necesitas, pero si buscas aplicaciones potentes y sencillas, las dos fuentes que he comentado: Sysinternals y NirSoft son dos sitios fantásticos para empezar.
PD2: Más info sobre cosas que he comentado:
https://msdn.microsoft.com/es-es/librar ... 89(v=vs.85).aspx
https://www.slax.org/es/http://gparted.org/http://clonezilla.org/https://technet.microsoft.com/es-es/sys ... s/bb545027http://www.nirsoft.net/ 