Bueno... por el tipo de programas que buscas y la forma tan despistada de preguntar, asumo que recien estas empezando a programar, y en tu escuela/instituto/etc... te estan enseñando con Vb.Net y SQL Server.
(No lo digo por joder... lo digo porque tu pregunta está super abierta)
En realidad yo te recomendaría que aprendas algo como Java y que uses cualquiera de sus IDEs que funcionan igual de bien en Windows como en linux (Eclipse, Netbeans, etc...)
Pero si DEBES usar esos programas exactamente... tal vez el Visual Studio funcione en windows con Wine si instalas el Framework de .Net... pero lo dudo. Así que te recomendaría utilizar Virtualizacion (VMWare, VirtualBox o similares) y levantar un windows dentro y correrlos desde ahi, para que no tengas que reiniciar el equipo.
Ahora si lo que buscas son alternativas para desarrollar sobre .Net desde Linux, creo que lo que tienes que buscar es informacion sobre el proyecto Mono y desarrollar sobre su IDE (creo que es MonoDevelop) o cualquier otro utilizando sus herramientas.
Para una alternativa a SQL Server, el 90% de la gente del mundillo Open Source te van a recomendar MySQL, pero personalmente PostgreSQL me parece mucho mas robusto y mejor diseñado. Ambos cuentan con versiones para Windows y Linux y administradores con interfaz grafica (MySQL Workbench y PGAdminIII respectivamente).
Espero que te haya quedado claro... no dudes en preguntar cualquier otra cosa!
Salu2.