Creo q lo q buscas se llama tripwire. Es un programa q al instalarlo accede a todos los archivos y les hace como una foto. Cuando vuelves a chequear el sistema de archivos, tripwire vuelve a revisar todos los archivos y saca otra foto, q compara con la q tenia y te dice los cambios resultantes.
Esto va muy bien pa cuano te intentan meter algun troyano, espia, rootkit, xploit....
Es muy potente, pero va por linea de comandos aunq no es muy complicado su uso.