Dependerá de que plugin gráfico uses probablemente. Pero la compatibilidad de dicho emulador deja que desear, y aunque han intentado actualizarlo unas pocas veces tiene más problemas que arreglos a cada versión.
Yo te diría que tirases a la última versión de desarrollo que encuentres de Mupen64plus o el core que hay de dicho emulador en Retroarch. (Es un multiemulador basado en cores, y cada core es digamos un emulador, lo mismo te interesa echarlo a andar para tener más máquinas emuladas en un mismo programa)