las carpetas ocultas de windows es exactamente lo mismo que añadir un punto delante en los derivados de unix.
con un simple dir /h se ven, o diciendole al explorer que muestre las carpetas ocultas.
Si quieres seguridad tendrias que recurrir a alguna solucion criptografica (como truecrypt que comenta coyote), en plan casero puedes comprimir los ficheros con clave (con ratio de compresion 0 para que lo haga muy rapido).