Es que el problema de la prueba de alergia alimentaria es que no puede ser cutánea ( la de los pinchazos) ya que esa como comentas no tiene prácticamente fiabilidad sobre alimentos. Habría que hacer un análisis sanguíneo, que además de caro también puede ser poco certero...
Por tanto, la forma que es más pesada pero suele dar resultado es la de retirar alimentos por tipos. Yo empezaría con un pienso a base de pescado (no compres demasiada cantidad, por si las moscas) y si lo tolera bien es algo que ganas, proteínas aseguradas que es lo que le hace falta.
Una vez asegurado ese, ya vería con pocas cantidades de pollo o ternera (ojo uno de los dos, no los dos a la vez).
Si es alimentaria, lo más probable es cerdo o algún cereal, que suelen ser, junto con el pollo la base más común de los piensos comerciales.
Un saludo y espero que se mejore tu mascota.