Como dices que ambas consolas son usadas, teóricamente, debería estar en mejores condiciones el modelo más reciente; es decir, el SLIM (aunque este argumento es muy discutible, ya que puede ocurrir que el modelo antiguo tenga menos uso que el moderno).
Otro punto a favor del modelo SLIM es el hecho de que pueda tener mayor compatibilidad con todos los formatos, ya que tendrá un firmware más actualizado y, en principio, tendría corregidos posibles problemas de versiones anteriores.
Por su parte, el modelo FAT yo siempre lo he visto más robusto, más duradero y mejor refrigerado; y luego, tiene la enorme ventaja de que cuando la lente se fastidie, siempre tendrás la opción de usar un Adaptador de Red para hacer correr los juegos desde un disco duro interno.
Yo tengo ambos modelos de consola, una FAT que compré nueva en el año 2004 y dos SLIM todavía sin estrenar; así que puedes ver que realmente no tengo ninguna preferencia porque cada uno tiene sus ventajas e inconvenientes.