La idea a la que has llegado no es mala, pero olvidas una cosa, si se quieres hacer un programa que esté en el disco duro para así emular de alguna forma a los chip de ahora, haría falta mucha información acerca del disco duro y de más componentes de la placa base de la PS2. Yo creo que lo más sensato es esperar a que alguien crackée el chip NEO 4 o el Mesiah y ponga el archivo *.ASM en intenet, para poder ver el código de programación del chip y a si ver lo que realmente hace la PS2 al arrancar, y de ahí hacia delante es sacar variantes parar todo tipo de soportes, como el que tu has mencionado (HD)...