Es muy sencillo.
Una vez arrancado el PS2Emu presiona R1 te sale el listado de unidades, selecciona mc0: que es la tarjeta de memoria y le das a la X, te mostrara un monton de carpetas, ahora presiona el boton start y selecciona MC Backup, se tirara un rato copyando las partidas.
Una vez que haya terminado pulsa de nuevo R1 y selecciona esta vez saves y le das a la X, esta vez te muestra las partidas que has copiado al disco duro, este punto es solo para confirmas que lo ha hecho.
Para restaurarlas en la memoria te vas a la opcion saves, hacia arriva y abajo seleccionas la partida que quieres recuperar, le das a la X y te la vuelve a copiar a la MC. Ojo si la partida ya existe en la MC te pedira confirmacion.
Espero que te sirva