Hasta donde yo se el único modelo que PS2 Slim que no es compatible con el FreeMCBoot es el que tiene la fuente de alimentación integrada... no recuerdo el modelo, pero en todos los demás deberia de ir.
El chip es lo que normalmente causa algunos problemas en la instalación pero como dices que ya lo has desactivado quiza sea cosa del pendrive, intenta con otro haber que tal va.
Por curiosidad, que pack de instalación usas?
En el foro de la scene hay uno de Squall_Leonheart que es el mejor que podrás encontrar, viene con su tuto y aplicaciones necesarias.