Puedes formatear el hdd desde el pc con winhiip.
Si es de mas de 120 gigas formatealo como "48 bit hdloader"
Las particiones (a la izquierda del formateo) puedes dejarlas todas a 0 EXCEPTO una llamada __BOOT, la cual yo dejaria a 128.
Una vez formateado, usando el ps2pfsexplorer (mira mi firma) accede a la particion __BOOT del hdd y copia dentro un archivo BOOT.ELF, el cual serà el hdloader (la mejor version es la 0.8bGOW).
Despues con uno de los botones pulsados mientras arrancas la ps2 deberia ejecutar el hdloader, mira las especificaciones del chip para saber el boton (creo que R2)