El concepto de particion y formateo no tiene nada que ver con el de PC.
Primero te diria que lo formatees desde hdloader, aunque podria ser desde cualquier otro programa.
Y luego instales ps2os.
Es mas, yo he usado el propio Ps2OS para instalar cosas en el HDD, incluso para instalar el exploit en la MC.
Aqui se considera particion a una cosa diferente de en los S.O. de PC, por ejemplo se llama particion a cada uno de los juegos que guarda se Guarda en el HDD, son particiones, por que algunas de estas pueden tener dentro carpetas y archivos, (donde instalaras el hdloader y el ps2os). PEro no se formatean despues, aqui el formato digamos que va por debajo de la particion, no por encima como en el PC.