Hay una aplicación para formatear particiones del hd creo que era de dms... el caso es que me la baje hace tiempo y la instale en el hd con el hdloader... ya que desde el cd no me arrancaba... tendras que buscar por google... el nombre creo que es HDformat
Saludos...
Edit: perdón se me olvido comentar que el tal programa no formatea el hd entero si no que solo te da opción a borrar las particiones creadas que no deseas... por ejemplo las del hdloader o ps2os etc...