A mi me paso exactamente eso que describes en mi segunda FAT, estaba actualizando y se quedo pillado en el 99% luego ya es que ni salía imagen solo dejaba entrar en recovery y cada vez que intentaba actualizar desde allí daba error en formatear el disco duro, intente con varios discos duros y nada, al final la consola se volvió tan loca que ya directamente no reconoce ningún disco duro, la única solución es meter mano a las NANDS con el E3FLASHER, una putada porque hay que soldar y todo ese rollo, y ahí esta cogiendo polvo, espero que la tuya haya tenido mas suerte y te deje actualizar desde el modo recovery.