Prueba a usar diskpart, la aplicación de windows para particionar discos via línea de comandos.
Abre una ventana de consola (cmd o powershell) y escribe:
diskpart
Luego escribe:
list disk
Y miras los que te está reconociendo. En este punto es MUY importante que veas qué disco es el de la PS3 (disk 0, disk 1, disk 2...). Luego lo seleccionas con:
select disk X
Y finalmente pones:
clean
OJO, REPITO, si limpias el disco que no es, pierdes toda la infromación que tenga ese disco. No pregunta nada, se lo cepilla al momento.
Una vez acabe (tarda poco) vuelves a poner:
list disk
Y deberías ver que el disco X (el de la PS3) ponga que tiene todo el espacio libre y no tiene ninguna partición.
A partir de ahí ya puedes poner el disco de nuevo en la PS3 y ver si realmente lo reconoce o no.
Saludos.