la compañia es facil saberla,mame de PC,te fijas por compañias creas sus directorios con sus respectivos juegos/bios y listo.
en cuanto a crear subdirectorios alfabéticamente es un "problema",el por que?,pues porque según que juego ejecutes,éste necesitará la bios de su compañia en el mismo directorio de la rom,osea si haces un directorio A con una rom de neogeo por poner un ejemplo,en el directorio A tendrá que estar presente dicha bios,lo mismo pasará con el directorio B,C,D,etc...,duplicaras bios innecesariamente,lo suyo es por compañias,y en cada compañia sus roms y bios correspondientes.