Yo la tuve en horizontal un par de meses y ahora la tengo en vertical (me pillé un soporte no oficial en uno de los patrocinadores de EOL y no tengo ninguna queja, el material es bueno y ajusta a la perfección). En mi opinión en vertical se calienta menos (y los clásicos "crujidos" desaparecen casi por completo, supongo que por la temperatura aunque podría ser cualquier otra cosa). No he notado ninguna otra diferencia, los discos los lee igual.
Un saludo.
Edito: respecto a lo de derechas o izquierdas me imagino que te refieres al lado que queda para abajo... yo te aconsejo que el lector y los botones los dejes en la parte de arriba, que sería la posición natural de la consola en vertical.