No estoy seguro si el comportamiento de los LED's pueda ser controlado desde el CFW como para que alguna opción haya modificado la configuración. Pero también puede ser un tema del flex que conecta la botonera de encendido con la placa madre de la consola, es una cinta flexible con varios pines y puede que alguno se encuentre en mal estado.
Si tienes experiencia desmontando la consola puedes revisarlo sólo quitando la tapa superior.
Otra posibilidad, aunque menos probable, es que se hayan fundido los leds indicadores en la botonera